1. Hochheimer, A. and Tjian, R. (2003) Genes & Development 17, 1309-1320
2. Rahl, P. B., Lin, C. Y., Seila, A. C., Flynn, R. A., McCuine, S., Burge, C. B., Sharp, P. A., and Young, R. A. (2010) Cell 141, 432-445
3. Guenther, M. G., Levine, S. S., Boyer, L. A., Jaenisch, R., and Young, R. A. (2007) Cell 130, 77-88
4. Kim, T. H., Barrera, L. O., Zheng, M., Qu, C., Singer, M. A., Richmond, T. A., Wu, Y., Green, R. D., and Ren, B. (2005) Nature 436, 876-880
5. Hirose, Y. and Ohkuma, Y. (2007) J Biochem 141, 601-608
6. Wu, S. Y. and Chiang, C. M. (2007) Journal of Biological Chemistry 282, 13141-13145
7. Dey, A., Chitsaz, F., Abbasi, A., Misteli, T., and Ozato, K. (2003) Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 100, 8758-8763
8. Hargreaves, D. C., Horng, T., and Medzhitov, R. (2009) Cell 138, 129-145
9. Zippo, A., Serafini, R., Rocchigiani, M., Pennacchini, S., Krepelova, A., and Oliviero, S. (2009) Cell 138, 1122-1136
10. Jang, M. K., Mochizuki, K., Zhou, M., Jeong, H. S., Brady, J. N., and Ozato, K. (2005) Molecular Cell 19, 523-534
11. Johnson, K. D., Christensen, H. M., Zhao, B., and Bresnick, E. H. (2001) Mol. Cell 8, 465-471
12. Johnson, K. D., Grass, J. A., Park, C., Im, H., Choi, K., and Bresnick, E. H. (2003) Mol. Cell Biol. 23, 6484-6493
13. Louie, M. C., Yang, H. Q., Ma, A. H., Xu, W., Zou, J. X., Kung, H. J., and Chen, H. W. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 100, 2226-2230
14. Szutorisz, H., Dillon, N., and Tora, L. (2005) Trends Biochem. Sci. 30, 593-599
15. Kim, T. K., Hemberg, M., Gray, J. M., Costa, A. M., Bear, D. M., Wu, J., Harmin, D. A., Laptewicz, M., Barbara-Haley, K., Kuersten, S., Markenscoff-Papadimitriou, E., Kuhl, D., Bito, H., Worley, P. F., Kreiman, G., and Greenberg, M. E. (2010) Nature 465, 182-187
16. Wang, Q., Carroll, J. S., and Brown, M. (2005) Mol. Cell 19, 631-642
17. Barski, A., Cuddapah, S., Cui, K., Roh, T. Y., Schones, D. E., Wang, Z., Wei, G., Chepelev, I., and Zhao, K. (2007) Cell 129, 823-837
18. Barski, A., Chepelev, I., Liko, D., Cuddapah, S., Fleming, A. B., Birch, J., Cui, K., White, R. J., and Zhao, K. (2010) Nat Struct Mol Biol 17, 629-634
19. Wang, Z., Zang, C., Rosenfeld, J. A., Schones, D. E., Barski, A., Cuddapah, S., Cui, K., Roh, T. Y., Peng, W., Zhang, M. Q., and Zhao, K. (2008) Nat Genet 40, 897-903
20. Wang, Z., Zang, C., Cui, K., Schones, D. E., Barski, A., Peng, W., and Zhao, K. (2009) Cell 138, 1019-1031
21. Lim, C. A., Yao, F., Wong, J. J., George, J., Xu, H., Chiu, K. P., Sung, W. K., Lipovich, L., Vega, V. B., Chen, J., Shahab, A., Zhao, X. D., Hibberd, M., Wei, C. L., Lim, B., Ng, H. H., Ruan, Y., and Chin, K. C. (2007) Mol. Cell 27, 622-635
22. Fejes, A. P., Robertson, G., Bilenky, M., Varhol, R., Bainbridge, M., and Jones, S. J. M. (2008) Bioinformatics 24, 1729-1730
23. Yang, Z., Yik, J. H. N., Chen, R., He, N., Jang, M. K., Ozato, K., and Zhou, Q. (2005) Molecular Cell 19, 535-545
24. Feng, Y., Broder, C. C., Kennedy, P. E., and Berger, E. A. (1996) Science 272, 872-877
25. Heintzman, N. D., Stuart, R. K., Hon, G., Fu, Y., Ching, C. W., Hawkins, R. D., Barrera, L. O., Van Calcar, S., Qu, C., Ching, K. A., Wang, W., Weng, Z., Green, R. D., Crawford, G. E., and Ren, B. (2007) Nat Genet 39, 311-318
26. Roh, T. Y., Cuddapah, S., and Zhao, K. (2005) Genes & Development 19, 542-552
27. Delmore, J. E., Issa, G. C., Lemieux, M. E., Rahl, P. B., Shi, J., Jacobs, H. M., Kastritis, E., Gilpatrick, T., Paranal, R. M., Qi, J., Chesi, M., Schinzel, A. C., McKeown, M. R., Heffernan, T. P., Vakoc, C. R., Bergsagel, P. L., Ghobrial, I. M., Richardson, P. G., Young, R. A., Hahn, W. C., Anderson, K. C., Kung, A. L., Bradner, J. E., and Mitsiades, C. S. (2011) Cell 146, 904-917
28. Pekowska, A., Benoukraf, T., Zacarias-Cabeza, J., Belhocine, M., Koch, F., Holota, H., Imbert, J., Andrau, J. C., Ferrier, P., and Spicuglia, S. (2011) EMBO J. 30, 4198-4210
29. Saxonov, S., Berg, P., and Brutlag, D. L. (2006) Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 103, 1412-1417
30. Vermeulen, M., Mulder, K. W., Denissov, S., Pijnappel, W. W., van Schaik, F. M., Varier, R. A., Baltissen, M. P., Stunnenberg, H. G., Mann, M., and Timmers, H. T. (2007) Cell 131, 58-69
31. Dey, A., Chitsaz, F., Abbasi, A., Misteli, T., and Ozato, K. (2003) Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 100, 8758-8763
32. Rada-Iglesias, A., Bajpai, R., Swigut, T., Brugmann, S. A., Flynn, R. A., and Wysocka, J. (2011) Nature 470, 279-283
33. Creyghton, M. P., Cheng, A. W., Welstead, G. G., Kooistra, T., Carey, B. W., Steine, E. J., Hanna, J., Lodato, M. A., Frampton, G. M., Sharp, P. A., Boyer, L. A., Young, R. A., and Jaenisch, R. (2010) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 107, 21931-21936
34. Boyle, A. P., Davis, S., Shulha, H. P., Meltzer, P., Margulies, E. H., Weng, Z., Furey, T. S., and Crawford, G. E. (2008) Cell 132, 311-322
35. Filippakopoulos, P., Qi, J., Picaud, S., Shen, Y., Smith, W. B., Fedorov, O., Morse, E. M., Keates, T., Hickman, T. T., Felletar, I., Philpott, M., Munro, S., McKeown, M. R., Wang, Y., Christie, A. L., West, N., Cameron, M. J., Schwartz, B., Heightman, T. D., La, T. N., French, C. A., Wiest, O., Kung, A. L., Knapp, S., and Bradner, J. E. (2010) Nature
36. Nicodeme, E., Jeffrey, K. L., Schaefer, U., Beinke, S., Dewell, S., Chung, C. W., Chandwani, R., Marazzi, I., Wilson, P., Coste, H., White, J., Kirilovsky, J., Rice, C. M., Lora, J. M., Prinjha, R. K., Lee, K., and Tarakhovsky, A. (2010) Nature 468, 1119-1123
37. Lian, Z., Karpikov, A., Lian, J., Mahajan, M. C., Hartman, S., Gerstein, M., Snyder, M., and Weissman, S. M. (2008) Genome Res. 18, 1224-1237
38. Barboric, M., Nissen, R. M., Kanazawa, S., Jabrane-Ferrat, N., and Peterlin, B. M. (2001) Molecular Cell 8, 327-337
39. Reith, W., LeibundGut-Landmann, S., and Waldburger, J. M. (2005) Nat Rev Immunol 5, 793-806
40. Devaiah, B. N., Lewis, B. A., Cherman, N., Hewitt, M. C., Albrecht, B. K., Robey, P. G., Ozato, K., Sims, R. J., III, and Singer, D. S. (2012) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 109, 6927-6932
41. Takahashi, H., Parmely, T. J., Sato, S., Tomomori-Sato, C., Banks, C. A., Kong, S. E., Szutorisz, H., Swanson, S. K., Martin-Brown, S., Washburn, M. P., Florens, L., Seidel, C. W., Lin, C., Smith, E. R., Shilatifard, A., Conaway, R. C., and Conaway, J. W. (2011) Cell 146, 92-104
42. Heintzman, N. D., Hon, G. C., Hawkins, R. D., Kheradpour, P., Stark, A., Harp, L. F., Ye, Z., Lee, L. K., Stuart, R. K., Ching, C. W., Ching, K. A., ntosiewicz-Bourget, J. E., Liu, H., Zhang, X., Green, R. D., Lobanenkov, V. V., Stewart, R., Thomson, J. A., Crawford, G. E., Kellis, M., and Ren, B. (2009) Nature 459, 108-112
43. Legube, G. and Trouche, D. (2003) EMBO Rep. 4, 944-947